No hay más indicios de una supuesta fábrica original del siglo XI que una inscripción en una lápida mencionada en un catálogo monumental. El aspecto de la iglesia responde a la reconstrucción integral que se llevó a cabo durante los siglos XII y XIII. Entre los siglos XVI y XVIII se acometieron reformas que sustituyeron el ábside original. El edificio, que se encontraba en estado de ruina, fue restaurado en la década de 1960
De esta manera, la fecha de 1041 dataría la parte más primitiva del
edificio, de la que apenas quedan restos. Al siglo XII, en que se
reformaría, pertenece la torre, ubicada en la cabecera.
En los finales del XII y comienzos del siglo XIII se reconstruyó todo
el edificio y más tarde se rehizo la cabecera. La iglesia tiene planta
rectangular de tres naves de tres tramos separados por soportes de
pilares con columnas adosadas a pilastras que soportan arcos apuntados
doblados y cubierta de madera.
Por sus características estilísticas
y formales, la mayoría de especialistas coinciden en encuadrar
la construcción de Santa Cecilia entre la segunda mitad del
siglo XII y principios del XIII, muy probablemente como parroquia
de ese citado barrio homónimo; núcleo germinal de
la villa al abrigo del castillo que, posteriormente, en tiempos
de paz, iría expandiéndose por las mucho más
fecundas vegas circundantes al monasterio de Santa María
la Real.
La iglesia de Santa Cecilia
se halla en la parte baja de la ladera que domina el castillo de Aguilar.
Su buena visibilidad desde el entorno hace fácil su localización.El templo actual puede datarse
entre el final del XII o principio del XIII, a pesar de que haya noticia
de una lápida indicando su finalización en 1041. Citado por
García Guinea, así lo indicaba Navarro en su Catálogo
Monumental de Palencia. Si fue de ese modo, obviamente no se refería
a este templo, en el que están claras las influencias de los maestros
de Santa María la Real y San Andrés del Arroyo, delimitando
su hechura en un momento cronológico muy concreto.
El ábside principal (con una doble credencia trilobulada, separada por columna, que aparece en su muro meridional) se cubre con bóveda de crucería cuatripartita con clave central y plementería de toba, claramente postmedieval. La bóveda de cañón apuntado -con buen despiece de sillería arenisca- se utilizará en el presbiterio del ábside central y ábside del evangelio, este último con abundantes signos lapidarios.
Ya señaló Quadrado que el ábside principal,
de factura claramente postmedieval y rectangular en planta, fue
realizado para sustituir al original románico semicircular, si bien
todavía se conserva el arco de medio punto románico, que lo comunica con
el tramo presbiterial que le precede. Exteriormente posee dos contrafuertes angulares y una sencilla cornisa moldurada rematando sus muros.
Los
orígenes de esta ermita son confusos, algunos hablan de la existencia
de una lapida que situaba su consagración en 1041, pero nada puede
confirmarse pues esta inscripción no se conserva. Miguel Ángel García
Guinea la fecha entre finales del siglo XII y principios del siglo XIII,
como la mayor parte de los templos románicos del entorno.